El 27 de febrero de 1985 el Parlamento Vasco aprobó la Ley 3/1985, por la que se crea y regula la institución del Ararteko. Esta institución, cuyo antecedente remoto es el Ombudsman sueco, está prevista en el art. 15 del Estatuto de Autonomía del País Vasco y responde al modelo de la figura del Defensor del Pueblo, introducido por el art. 54 de la Constitución Española.
Tuvieron que transcurrir más de cuatro años para que el Parlamento Vasco eligiera como primer ararteko al guipuzcoano Juan San Martín Ortiz de Zarate, cargo del que tomó posesión el 8 de marzo de 1989.
Humanista y autodidacta, Juan San Martín fue miembro de Euskaltzaindia (Real Academia de la Lengua Vasca), en la que ocupó diversos cargos, y de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País. Perteneció también al Consejo General Vasco, órgano preautonómico.
Escritor, etnólogo, espeleólogo, arqueólogo, montañero, como ararteko llegó a ser entre 1994 y 1995 presidente del Instituto Europeo del Ombudsman.
A Juan San Martín le correspondió, con la colaboración del adjunto Jesús Mª Arteaga Izaguirre, docente y doctor en Derecho, la puesta en marcha de esta institución.
En esta época se inició la elaboración de informes extraordinarios como Los calabozos, Los psiquiátricos, Las residencias de tercera edad en la Comunidad Autónoma Vasca (1992-1993) y Cinco años de la Institución del Ararteko en el País Vasco (1989-1994).