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El 3 de marzo de 1995 tomó posesión como ararteko Xabier Markiegi Candina, docente y ex-parlamentario del grupo político Euskadiko Ezkerra, cargo en el que permaneció hasta el 11 de septiembre de 2000. Durante su mandato le acompañó como adjunta la abogada  Mercedes Agúndez Basterra, que le sustituyó como ararteko en funciones desde el 11 de septiembre de 2000 hasta el 25 de junio de 2004.

El período de mandato de Xabier Markiegi y de Mercedes Agúndez fue el de consolidación de la institución del Ararteko, con un aumento cuantitativo y cualitativo de las distintas actividades realizadas por esta oficina.