En la institución del Ararteko hay diversos puestos de trabajo, aparte del propio ararteko Manuel Lezertua Rodríguez, y el puesto de adjunta al ararteko. 

En el Ararteko hay un equipo de dirección y dos oficinas temáticas, de la Infancia y la Adolescencia y de Asuntos Internacionales y Europeos.

Existe un equipo de  técnicos responsables de áreas  y técnicos auxiliares para realizar los cometidos del Ararteko. 

Hay tres oficinas de atención ciudadana en Vitoria-Gasteiz, Bilbao y Donostia / San Sebastián. Existe una persona responsable en cada una de las oficinas.

Además, hay diversos puestos de trabajo para atender diferentes servicios administrativos y técnicos: la atención telefónica, el registro, el auxilio administrativo a la gestión de los expedientes y las consultas, la contabilidad y la gestión presupuestaria, la gestión de personal, la traducción de documentos castellano/euskera, los sistemas de información o informática, la documentación, la biblioteca, el archivo, los servicios de ujier, la conducción del vehículo, el mantenimiento, la asistencia administrativa al ararteko y a la adjunta, así como a los directores y directoras.